A vida de Silvério é muito controvertida, desde o lugar do seu nascimento, que – segundo algumas fontes – é disputado entre Frosinone, cidade da qual, hoje, é o Santo padroeiro, e a vizinha Ceccano, onde, porém, não há sinais de sua veneração. Eleito - e não designado - como 58º Papa da Igreja de Roma, seu pontificado durou apenas um ano, por causa da eclosão da guerra grego-gótica, entre Constantinopla e os Ostrogodos, que perdurou por 18 anos.
Eleição controvertida
O Papa Agapito I faleceu em Constantinopla, em 22 de abril de 536. Com a sua morte, deu-se início à corrida para a sua sucessão. Entre o descontentamento de muitos, foi eleito o Papa Silvério, que na época era apenas um subdiácono, um ofício religioso considerado muito baixo para ter acesso direto ao trono de Pedro. Porém, o rei ostrogodo Teodato - que ameaçou domar com a força uma eventual revolta – impôs a sua eleição. Desta forma, a nobreza e o resto do clero tiveram que aceitar, para não piorar a situação. Entretanto, uma das maiores opositoras de Silvério foi Teodora, esposa do imperador oriental Justiniano, partidária dos Monofisistas, que já havia escolhido como sucessor de Agapito seu pupilo, Virgílio.
Heresia monofisista
O Monofisismo era uma doutrina teológica, desenvolvida, por volta do ano 400, pelo arquimandrita Eutíquio, em um mosteiro de Constantinopla. Na prática, esta doutrina negava a natureza divina de Cristo, que, no seu parecer, se "perdeu" com a Encarnação: afirmava como “única” a natureza divina de Jesus. Por isso, o Concílio de Calcedônia, em 451, a condenou como herética. Não obstante, conseguiu encontrar prosélitos, por volta dos séculos V e VI, causando a separação de Roma das Igrejas Copta, Armênia e Jacobita da Síria.
Conspiração do Oriente
Enquanto isso, do ponto de vista político, a situação se complicava na península italiana, que, na época, era disputada precisamente entre Constantinopla e os invasores Godos. A pagar o preço foram a esfera religiosa e o pontificado de Silvério. O imperador Justiniano declarou guerra contra os Ostrogodos, enviando seu melhor general, Belizário: avançando do sul, conseguiu chegar a Roma e reabilitar, em Ravena, Vitiges, o novo rei ostrogodo que, no entanto, havia sucedido a Teodato. Neste contexto, Teodora continuava a travar a sua batalha pessoal contra Silvério, tentando abrandar suas posições em favor do Monofisismo. Porém, não conseguindo, tramou um complô contra ele: com uma carta falsa, afirmava que o Papa havia permitido a entrada dos Godos em Roma para libertá-la dos Bizantinos. Não podendo desculpar-se, Silvério foi despojado de suas vestes papais e, vestido como monge, foi levado para Constantinopla. Nem o imperador Justiniano conseguiu ajudá-lo e foi deportado para Patara, na Lícia. Em seu lugar, Virgílio tornou-se Papa, mas não foi hostil ao monofisismo.
Exílio na ilha de Palmarola
Quando o Bispo de Patara apresentou ao imperador as provas irrefutáveis da inocência de Silvério, Justiniano foi obrigado a libertá-lo e mandá-lo de volta para Roma. Porém, Virgílio, para se defender, obrigou o general Belizário a prender Silvério e deportá-lo para a ilha das Pontinas, em Palmarola. Ali, na tentativa de pôr fim ao cisma entre as Igrejas, Silvério decidiu abdicar e, após cerca de um mês, no dia 2 de dezembro, faleceu. Seus restos mortais, ao contrário de como se usava fazer com os Papas, permaneceram em Palmarola, onde é venerado no dia 20 de junho, dia da sua chegada à ilha.